Transféré bon gré mal gré dans un lycée de Tokyo,
le protagoniste est en proie à un rêve étrange.
"Tu es bel et bien un prisonnier du destin.
Dans un avenir proche, c'est la ruine qui t'attend."

Hanté par le spectre de la "réhabilitation",
il doit protéger autrui contre les désirs pervertis en enfilant
le masque d'un Voleur fantôme.

Une étrange rumeur se propage peu à peu dans la ville rurale d'Inaba,
nouveau foyer du protagoniste.
C'est également à ce moment que débute
une série de meurtres mystérieux.
En quête de la vérité, le protagoniste et ses amis s'aperçoivent
qu'ils ont ouvert la porte d'un autre monde.

Cet instant hors du temps a pour nom "Heure sombre".
Un calme surnaturel engloutit alors la ville,
les habitants se transforment en cercueils sinistres et d'indicibles
monstres appelés Ombres envahissent les lieux.

Une nuit, le protagoniste subit
une attaque de ces entités des ténèbres.

C'est quand tout espoir paraît perdu
que s'éveille le pouvoir du cœur: sa Persona.